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Johannes Kepler stand als Protestant seit dem Anfang seiner wissenschaftlichen Laufbahn unter dem Druck der Gegenreformation. Er musste Graz verlassen, konnte in Prag nicht bleiben und wurde auch aus Linz vertrieben, wo u. a. seine Bibliothek wegen des Verdachts auf Ketzerei beschlagnahmt wurde. Er war aber auch in seiner protestantischen Gemeinde ein Nonkonformist, der seine eigenen Glaubensauslegungen vertrat und deshalb exkommuniziert wurde. Sein Leben und Wirken sind ein gutes Beispiel für den Konflikt zwischen absoluten Geltungsansprüchen kirchlich-religiöser Orthodoxie und dem in der Renaissance erstarkten humanistischen Grundanspruch der Wissenschaft auf eine selbstständige und kritische Suche nach Wahrheit. Jede Religion hat Fundamente, die sie dem Anspruch auf Kritik entziehen muss, um Religion zu sein und zu bleiben. Gott ist für Gläubige immer mehr als eine noch nicht widerlegte Hypothese. Der Bogen dieser Spannung wird von Kepler über die Zeit der Aufklärung, der heftigen Diskussion um Darwins Evolutionslehre bis zur späten Abschaffung des Index verbotener Bücher und der These vom „intelligent design“ gespannt.
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